بر اساس گزارش‌ها، حدود 1300 مدرسۀ دینی در گوشه و کنار کشور فعالیت دارند که حکومت هیچ‌گونه کنترولی بر آن‌ها ندارد.
مدارس دینی یکی از گزینه‌های مهم برای ترویج علوم دینی در اسلام است که از سال‌ها به این‌سو در کشور به‌طور عادی فعالیت دارند و هیچ‌گونه مشکلی نیز نداشته‌اند. اما، از چهار دهه قبل، شکل و ماهیت این مدارس دست‌خوش تغییرات مهمی شد که برای منافع سیاسی و نظامی کشورها مورد استفاده قرار گرفت.
در جنگ افغان- شوروی این مدارس فعال‌تر و میلیون‌ها دالر برای تقویت آن مصرف شد. روحانیون زیادی برای تدریس در این مدارس مصروف و تعداد زیادی از این مدارس در مناطق قبایلی و سرحدی کشور تاسیس شدند. این مدارس با شعاری مبنی بر “اسلام در خطر” است هزاران جوان را مجذوب خود کرد و با ترویج تفکر “جهاد” و آموزش‌های نظامی و جنگی، تعداد زیادی را به میدان‌های نبرد فرستاد.
از سویی، گفته می‌شود این مدارس نقشِ چرخۀ تولید هراس‌افکنان را بازی می‌کند و بر اساس گزارش‌ها، هزاران جوان در این مدارس در مناطق مختلف کشور و پاکستان مصروف آموزش استند تا در صورت نیاز، به صفوف شورشیان بپیوندند.
افغانستان کشور سنتی است. بنابراین، مدارس دینی نقش فعالی در اجتماع، به ویژه در زمینه حکومت‌پذیری مردم داشته است. در جامعۀ افغانستان، روحانیون نقش بارزی دارند و برای تحکیم پایه‌های حکومت، هم‌پذیری، صلح، ثبات و آرامش نیز می‌توانند کار کنند؛ زیرا عوام به حرف‌های آنان باور دارند.
سوق دادن مدارس دینی به مسایل دیگر، از جمله ترویج افکار افراط‌گرایانه، سبب خدشه‌دار ساختن چهرۀ این روحانیون و اسلام شده است. وجود مدارس دینی ضروری است، اما تعدادی زیر عنوان مدارس دینی و برای منافع سیاسی و بازی‌ها استخباراتی، بدون شک تهدید محسوب می‌شود که حکومت باید بر آنان کنترول داشته باشد.
حدود 4600 مدرسۀ دینی قانونی زیر نظر وزارت حج و اوقاف و معارف فعال هستند و هیچ مشکلی ندارند، اما مدارس دینی غیرقانونی و به‌دور از نظارت دولت می‌تواند تحت دخالت عناصر تخریب‌گر، برای اهداف مشخص کار کند که این برای کشور یک چالش بزرگ در درازمدت می‌تواند باشد. همان‌گونه که در سال 2009 امنیت ملی 9 تن انتحاری را در یک مدرسه دینی در کابل دست‌گیر کرد، ده‌ها انتحاری دیگر بودند که سبب کشتن ده‌ها فرد ملکی گردیدند.
افرادی که در این مدارس درس خواندند، نظام و ارزش‌های فعلی را حرام دانسته و ارتش کشور را اجیز و مزدبگیر کفار می‌پندارند. هم‌چنان، رفتن خانم‌ها به مکتب را نیز ضد احکام دینی اسلام شمرده، حرام می‌دانند. دانشگاه‌ها را مال کفار دانسته و تحصیل در آن‌جا را نیز منع می‌کنند.
این مدارس، با ترویج چنین تفکری، جوانان زیادی را برای جهاد تشویق می‌کنند که دست به اعمال ضد بشری و انسانی بزنند.
تاکنون گزارش‌های متعددی در این رابطه منتشر شده است که نشان می‌دهد در مواردی این مدارس به ترویج افکار تندروانه می‌پردازند. در کنار آن، گفته می‌شود این مدارس برای ایجاد تنش‌های اجتماعی، بی‌ثباتی و اختلاف‌افکنی میان اقوام و مذاهب در افغانستان کار می‌کنند.
بر مبنای گزارش‌ها، مدارسی وجود دارد که جوانان را تشویق به‌جنگ در افغانستان می‌کنند. این گونه مدارس، سال‌هاست که در خارج از مرزهای افغانستان و حتا در داخل، فعالیت دارند. در این مدارس، در کنار مسایل دینی تحریف‌شده، روش جنگیدن و نظامی‌گری نیز آموزش داده می‌شود.
حکومت با درک اهمیت چنین مدارسی در ناامن‌سازی و ترویج تفکر طالبانی و…، می‌بایست جلو آنان را گرفته و یا فعالیت‌های آنان را زیر نظر کامل داشته باشد.
